106 research outputs found
New insights on the mechanism of quinoline-based DNA methyltransferase inhibitors
Among the epigenetic marks, DNA methylation is one of the most studied. It is highly deregulated in numerous diseases, including cancer. Indeed, it has been shown that hypermethylation of tumor suppressor genes promoters is a common feature of cancer cells. Because DNA methylation is reversible, the DNA methyltransferases (DNMTs), responsible for this epigenetic mark, are considered promising therapeutic targets. Several molecules have been identified as DNMT inhibitors and, among the non-nucleoside inhibitors, 4-aminoquinoline-based inhibitors, such as SGI-1027 and its analogs, showed potent inhibitory activity. Here we characterized the in vitro mechanism of action of SGI-1027 and two analogs. Enzymatic competition studies with the DNA substrate and the methyl donor cofactor, S-adenosyl-L-methionine (AdoMet), displayed AdoMet non-competitive and DNA competitive behavior. In addition, deviations from the Michaelis-Menten model in DNA competition experiments suggested an interaction with DNA. Thus their ability to interact with DNA was established; although SGI-1027 was a weak DNA ligand, analog 5, the most potent inhibitor, strongly interacted with DNA. Finally, as 5 interacted with DNMT only when the DNA duplex was present, we hypothesize that this class of chemical compounds inhibit DNMTs by interacting with the DNA substrate
Generation and analysis of a 29,745 unique Expressed Sequence Tags from the Pacific oyster (Crassostrea gigas) assembled into a publicly accessible database: the GigasDatabase
Background: Although bivalves are among the most-studied marine organisms because of their ecological role and economic importance, very little information is available on the genome sequences of oyster species. This report documents three large-scale cDNA sequencing projects for the Pacific oyster Crassostrea gigas initiated to provide a large number of expressed sequence tags that were subsequently compiled in a publicly accessible database. This resource allowed for the identification of a large number of transcripts and provides valuable information for ongoing investigations of tissue-specific and stimulus-dependant gene expression patterns. These data are crucial for constructing comprehensive DNA microarrays, identifying single nucleotide polymorphisms and microsatellites in coding regions, and for identifying genes when the entire genome sequence of C. gigas becomes available. Description: In the present paper, we report the production of 40,845 high-quality ESTs that identify 29,745 unique transcribed sequences consisting of 7,940 contigs and 21,805 singletons. All of these new sequences, together with existing public sequence data, have been compiled into a publicly-available Website http://public-contigbrowser.sigenae.org:9090/Crassostrea_gigas/index.htm l. Approximately 43% of the unique ESTs had significant matches against the SwissProt database and 27% were annotated using Gene Ontology terms. In addition, we identified a total of 208 in silico microsatellites from the ESTs, with 173 having sufficient flanking sequence for primer design. We also identified a total of 7,530 putative in silico, single-nucleotide polymorphisms using existing and newly-generated EST resources for the Pacific oyster. Conclusion: A publicly-available database has been populated with 29,745 unique sequences for the Pacific oyster Crassostrea gigas. The database provides many tools to search cleaned and assembled ESTs. The user may input and submit several filters, such as protein or nucleotide hits, to select and download relevant elements. This database constitutes one of the most developed genomic resources accessible among Lophotrochozoans, an orphan clade of bilateral animals. These data will accelerate the development of both genomics and genetics in a commercially-important species with the highest annual, commercial production of any aquatic organism
Extracorporeal Membrane Oxygenation for Severe Acute Respiratory Distress Syndrome associated with COVID-19: An Emulated Target Trial Analysis.
RATIONALE: Whether COVID patients may benefit from extracorporeal membrane oxygenation (ECMO) compared with conventional invasive mechanical ventilation (IMV) remains unknown. OBJECTIVES: To estimate the effect of ECMO on 90-Day mortality vs IMV only Methods: Among 4,244 critically ill adult patients with COVID-19 included in a multicenter cohort study, we emulated a target trial comparing the treatment strategies of initiating ECMO vs. no ECMO within 7 days of IMV in patients with severe acute respiratory distress syndrome (PaO2/FiO2 <80 or PaCO2 â„60 mmHg). We controlled for confounding using a multivariable Cox model based on predefined variables. MAIN RESULTS: 1,235 patients met the full eligibility criteria for the emulated trial, among whom 164 patients initiated ECMO. The ECMO strategy had a higher survival probability at Day-7 from the onset of eligibility criteria (87% vs 83%, risk difference: 4%, 95% CI 0;9%) which decreased during follow-up (survival at Day-90: 63% vs 65%, risk difference: -2%, 95% CI -10;5%). However, ECMO was associated with higher survival when performed in high-volume ECMO centers or in regions where a specific ECMO network organization was set up to handle high demand, and when initiated within the first 4 days of MV and in profoundly hypoxemic patients. CONCLUSIONS: In an emulated trial based on a nationwide COVID-19 cohort, we found differential survival over time of an ECMO compared with a no-ECMO strategy. However, ECMO was consistently associated with better outcomes when performed in high-volume centers and in regions with ECMO capacities specifically organized to handle high demand. This article is open access and distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Non-Commercial No Derivatives License 4.0 (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/)
ECOSCOPA. Evaluer la qualité des écosystÚmes conchylicoles en lien avec les pressions climatiques et anthropiques. Rapport annuel campagne 2015
Le rĂ©seau ECOSCOPA, co-financĂ© par la DPMA, a pour objectif de dĂ©velopper un outil permettant de mesurer, Ă plusieurs Ă©chelles, des paramĂštres environnementaux et biologiques en lien avec la croissance et la survie dâhuĂźtres creuses en Ă©levage. Sur lâannĂ©e 2015 et afin de prĂ©parer de façon concertĂ©e ce projet, il a Ă©tĂ© proposĂ© dans un premier temps de renforcer la synergie existante entre les rĂ©seaux RESCO et VELYGER afin de disposer dâun suivi proactif du cycle complet de production de lâhuĂźtre (incluant le captage, la croissance, la reproduction, les Ă©ventuelles mortalitĂ©s) Ă partir dâanimaux communs sur diffĂ©rents sites ateliers, en lien avec lâacquisition de descripteurs environnementaux et physiologiques susceptibles dâinfluencer chacune de ces traits de vie. En complĂ©ment du fonctionnement des rĂ©seaux VELYGER et RESCO II, le projet ECOSCOPA a donc pris en charge le dispositif de dĂ©ploiement et de suivi bimensuel dâhuĂźtres sentinelles sur 6 sites (Arcachon, Marennes OlĂ©ron, Baie de Bourgneuf, Rade de Brest, Etang de Thau, RiviĂšre de PĂ©nerf). Plus prĂ©cisĂ©ment, ECOSCOPA a suivi les paramĂštres biologiques de survie et de croissance, sur ces six sites ateliers. Les huĂźtres sentinelles(identiques Ă celles utilisĂ©es par le rĂ©seau RESCO II) correspondant Ă 3 classes dâĂąge dâhuĂźtres creuses (« 6 mois », « 18 mois » et « 30 mois ») ont Ă©tĂ© dĂ©ployĂ©es et suivies de maniĂšre synchrone sur lâensemble des sites, selon le mĂȘme calendrier que celui Ă©tablie pour RESCO II. Les descripteurs environnementaux ont Ă©tĂ© obtenus grĂące Ă des enregistrements en haute frĂ©quence de la tempĂ©rature, de la pression et de la salinitĂ©, rĂ©alisĂ©s sur l'ensemble des 6 sites au moyen de sondes SMATCH permettant la transmission en temps rĂ©el de ces paramĂštres sur un serveur dĂ©diĂ©. La totalitĂ© des sites ateliers Ă©quipĂ©s avec ce type de sondes, en complĂ©ment des sondes de type STPS prĂ©vues par le rĂ©seau RESCO II, apermis d'assurer une prise de donnĂ©es sans discontinuitĂ© pendant les opĂ©rations d'entretien.Les donnĂ©es sur les populations phytoplanctoniques ont Ă©tĂ© acquises grĂące aux points de suivi du rĂ©seau REPHY lĂ oĂč ces points existent. Des prĂ©lĂšvements additionnels ont Ă©tĂ© rĂ©alisĂ©s dans le cas contraire via des partenaires extĂ©rieurs. Enfin, des descripteurs physiologiques ont Ă©tĂ© acquis dans cette Ă©tude afin de qualifier le statut physiologique de lâhuĂźtre en lien avec les variations de lâenvironnement. Plus prĂ©cisĂ©ment, une Ă©tude spĂ©cifique permettant dâapprofondir les rĂ©sultats acquis dans le cadre de lâexpĂ©rimentation PHYSITU en 2014, a Ă©tĂ© rĂ©alisĂ©e. En effet, dans cette Ă©tude, des mesures dâexpression de gĂšnes impliquĂ©s dans la rĂ©ponse des naissains aux mortalitĂ©s ont Ă©tĂ© rĂ©alisĂ©es afin de qualifier lâĂ©volution du statut physiologique de lâhuĂźtre avant, pendant, et aprĂšs les mortalitĂ©s. Cette action a permis, entre autre, dâidentifier 4 gĂšnes dâintĂ©rĂȘt, dont lâexpression varie significativement selon les pĂ©riodes avant et aprĂšs mortalitĂ©. Lâaction ECOSCOPA a donc pris en charge la poursuite de cette Ă©tude afin de tester lâintĂ©rĂȘt de ces marqueurs en tant quâindicateur prĂ©coce de la rĂ©ponse de lâhuĂźtre face aux agents pathogĂšnes, et de valider si ces marqueurs pourraient ĂȘtre utilisĂ©s Ă plus large Ă©chelle pour la surveillance de la qualitĂ© des Ă©cosystĂšmes cĂŽtiers
RESCO - RĂ©seau d'observations Conchylicoles : Campagne 2013
The French network RESCO was developed in 2009, following the widespread mortalities in French oysters stocks of Crassostrea gigas that killed a majority of young cultivated oysters in summer 2008. The main objective of this network was to develop a tool of estimation of the mortalities at national scale, through a standardized monitoring of sentinel oysters
In 2013, similar batches of spat and 18 month old oysters from different origins were deployed in thirteen sites located all along the French coasts to measure the spatial and temporal evolution of the mortality and growth rates. At the same time, the program provides a high-frequency recording of environmental parameters and the detection of the main infectious agents associated to the oyster mortality.
As in previous years, mortality peaks were firstly detected in the south sites with a small delay compare to 2012 due to a relatively cold spring. No general trend was observed in the evolution of summer mortality rates and significant differences of mortality patterns or intensity were measured between sites and batches. The mean cumulative mortality rate of 18 month old oysters was close to the value measured in 2012 (13%) while the mean cumulative growth rate was relatively low and tended to decrease since 2011. The cumulative mortality rate of spat ranged from 59 to 84 % which was significantly higher than the mean value calculated for the ten past years (42%). To the contrary, the spat cumulative growth rate was the lowest recorded since 2004.
Significant differences in the Herpes virus (OsHV-1) concentrations were also measured between sites and batches but the final value of the cumulative mortality rate seemed to be positively correlated with the concentration of this infectious agent. Vibrio aestuarianus bacteria were sporadically detected in a few batches for either spat or 18 month old oyster without any correlation with the Herpes virus concentration.Le rĂ©seau dâobservations conchylicoles RESCO assure, depuis 2009, le suivi de lots sentinelles d'huĂźtres creuses Crassostrea gigas sur des sites ateliers disposĂ©s sur l'ensemble du littoral français. Leur suivi permet d'acquĂ©rir des donnĂ©es nationales de mortalitĂ© et de croissance, de traduire la dynamique spatio-temporelle des performances dâĂ©levage et ainsi de participer Ă la comprĂ©hension des phĂ©nomĂšnes observĂ©s. Pour ce faire, des lots sentinelles dâhuĂźtres correspondant Ă diffĂ©rentes origines (captage ou Ă©closerie, diploĂŻdes ou triploĂŻdes) et Ă diffĂ©rents stades dâĂ©levage (naissain ou adultes 18 mois) sont dĂ©ployĂ©s simultanĂ©ment sur 13 sites ateliers reprĂ©sentant les grandes rĂ©gions conchylicoles du littoral français. En parallĂšle des suivis de croissance et de mortalitĂ©, des donnĂ©es associĂ©es Ă la prĂ©sence dâagents infectieux dans ces huĂźtres, ainsi que des variables environnementales (tempĂ©rature, salinitĂ©, flores sur certains sites) sont acquises.
Les rĂ©sultats des suivis 2013 mettent en Ă©vidence des diffĂ©rences significatives entre les lots, les classes dâĂąge et les sites testĂ©s. Plus prĂ©cisĂ©ment, les taux de mortalitĂ© cumulĂ©e obtenus sur les diffĂ©rents lots de naissains sont respectivement de 59, 83 et 74% pour les trois lots issus de captage naturel, de 71, 84 et 69% respectivement pour les trois lots dâĂ©closerie. Certains sites, tels que les sites de Morlaix ou GĂ©fosse apparaissent globalement moins touchĂ©s par la mortalitĂ© que dâautres sites situĂ©s plus au Sud tels que Marseillan ou Loix en RĂ©.
La mortalitĂ© moyenne observĂ©e sur les lots dâhuĂźtres 18 mois est de 12.6%, ce qui est Ă©quivalent aux taux de mortalitĂ© obtenus pour des huĂźtres de la mĂȘme classe dâĂąge en 2012 (13%), et reste en dessous de certaines dĂ©clarations de mortalitĂ© effectuĂ©es par la profession sur des huĂźtres de classe dâĂąge supĂ©rieures (35 Ă 50 mois). En terme de donnĂ©es hydrologiques, lâannĂ©e 2013 se caractĂ©rise par rapport aux annĂ©es prĂ©cĂ©dentes, par des mois de mars et dĂ©but avril relativement frais. Ainsi, les premiĂšres mortalitĂ©s sont gĂ©nĂ©ralement apparues plus tardivement en 2013 quâen 2012, et sâĂ©chelonnent de mi-mai jusquâĂ mi-aoĂ»t pour lâensemble des sites et des lots, la vague la plus importante de mortalitĂ© ayant touchĂ© la plupart des sites Ă la deuxiĂšme quinzaine du mois de Juin. En terme de rĂ©plique de mortalitĂ©, des diffĂ©rences significatives ont pu ĂȘtre observĂ©es selon les types de lots, certains Ă©tant affectĂ©s, sur lâensemble des sites-ateliers, par une vague unique de mortalitĂ©, alors que dâautres prĂ©sentent plusieurs pics de plus faibles intensitĂ©s. Les analyses de comparaison inter-annuelle des taux de mortalitĂ© observĂ©s en 2013 sur les lots sentinelles par rapport aux annĂ©es prĂ©cĂ©dentes (sur des lots sentinelles de mĂȘme provenance) rĂ©vĂšlent des tendances (i.e. diminution ou augmentation des taux) propres Ă chaque lot, et ne permettent donc pas de dĂ©gager une tendance globale associĂ©e au phĂ©nomĂšne.
Enfin, les analyses pathologiques rĂ©alisĂ©es sur des prĂ©lĂšvements bi-mensuels dâindividus issus des trois lots sentinelles 18 mois, CN1 et ETa sur lâensemble des sites ateliers, ont rĂ©vĂ©lĂ© des diffĂ©rences significatives des taux dâHerpes selon les sites, mais Ă©galement selon la pĂ©riode de dĂ©tection de charges Ă©levĂ©es, cette derniĂšre semblant corrĂ©lĂ©e aux taux de mortalitĂ© cumulĂ©e final observĂ©. Les recherches de dĂ©tection de la bactĂ©rie de lâespĂšce Vibrio aestuarianus sur les mĂȘmes lots, rĂ©vĂšlent des cas positifs pour tous les types de lots, mais de façon plus sporadique
RESCO - RĂ©seau d'observations Conchylicoles : Rapport annuel Campagne 2014.
AprĂšs cinq ans de suivi des performances conchylicoles sur 13 sites ateliers repartis sur le littoral français, le rĂ©seau RESCO a permis dâapprofondir les connaissances concernant la dynamique spatio-temporelle des mortalitĂ©s dâhuĂźtres. Cependant, il Ă©tait apparu trĂšs difficile dâĂȘtre suffisamment exhaustif sur le choix des lots sentinelles suivis, et les rĂ©sultats obtenus ne pouvaient pas reprĂ©senter toute la diversitĂ© des lots dâhuĂźtres creuses cultivĂ©es sur les cĂŽtes françaises. Par consĂ©quent, le protocole du RESCO a lĂ©gĂšrement Ă©voluĂ© en 2014 afin de palier Ă ces biais mais aussi dâamĂ©liorer la lisibilitĂ© des objectifs du rĂ©seau. Pour ce faire, deux actions principales ont Ă©tĂ© mises en oeuvre : (i) lâintroduction dans les suivis dâun nouveau matĂ©riel biologique standard et reproductible (Naissains StandardisĂ©s Ifremer), et (ii) le suivi, sur un site pilote, des valeurs dâexpression de marqueurs physiologiques prĂ©alablement identifiĂ©s dans la rĂ©ponse de lâhuĂźtre face aux infections et/ou aux modifications environnementales (action PHYSITU). Les objectifs principaux du rĂ©seau ont par consĂ©quent Ă©voluĂ©, ciblant dĂ©sormais lâacquisition de donnĂ©es afin de qualifier la qualitĂ© des Ă©cosystĂšmes conchylicoles.
Les principaux rĂ©sultats acquis lors de cette nouvelle campagne 2014 ont mis en Ă©vidence que les performances conchylicoles mesurĂ©es pour les lots de naissains NSI et issu de captage naturel dâArcachon Ă©taient comparables sur lâensemble des sites. Ainsi, les mortalitĂ©s pour ces lots sont apparues entre mi-mai et mi-juin, et les taux de mortalitĂ© cumulĂ©e finaux sont de lâordre de 50%. Ces taux reprĂ©sentent donc une lĂ©gĂšre diminution par rapport aux taux de mortalitĂ© obtenus lors des campagnes prĂ©cĂ©dentes, mais si cette baisse nâest pas statistiquement significative. Pour le lot « 18 mois », la moyenne nationale atteinte est dâenviron 20% : ce taux constitue donc une lĂ©gĂšre augmentation par rapport aux annĂ©es prĂ©cĂ©dentes, mĂȘme si ces mortalitĂ©s se font continuellement dans le temps, sans rĂ©el pic de mortalitĂ©. Notons quâun taux Ă©levĂ© de 43% a tout de mĂȘme Ă©tĂ© observĂ© pour ce lot Ă GĂ©fosse. Des observations similaires peuvent ĂȘtre faites sur le lot de «30 mois» (suivis pour la 1Ăšre fois dans le cadre du rĂ©seau) : aucune mortalitĂ© trĂšs importante nâest Ă dĂ©clarer sur ce lot, puisque les taux de mortalitĂ© cumulĂ©e atteignent progressivement les 15%, Ă lâexception du site de GĂ©fosse pour lequel les mortalitĂ©s dĂ©passent les 70%.
Les analyses pathologiques rĂ©alisĂ©es au cours de cette campagne 2014 se sont essentiellement concentrĂ©es sur le nouveau lot NSI introduit cette annĂ©e. Ainsi, des analyses initiales ont permis de confirmer que ce lot ne portait pas de parasites Ă dĂ©claration obligatoire, ni dâHerpes virus (et ce, mĂȘme aprĂšs avoir subi un challenge thermique). Des analyses (par PCR et analyses histologiques) rĂ©alisĂ©es lors des 1Ăšres mortalitĂ©s de ce lot ont montrĂ© que lâADN de lâHerpes virus Ă©tait systĂ©matiquement dĂ©tectĂ© ; ParallĂšlement, des bactĂ©ries appartenant au groupe Vibrio splendidus ont Ă©tĂ© trouvĂ©es sur 4 sites, ainsi que du Vibrio aestuarianus sur 2 sites parmi ces 4 sites.
ParallĂšlement au rĂ©seau, une Ă©tude a Ă©tĂ© menĂ©e sur un site pilote afin de suivre lâĂ©volution de certains marqueurs en lien avec lâapparition des mortalitĂ©s des naissains. Lâexpression de 14 gĂšnes prĂ©alablement identifiĂ©s comme Ă©tant impliquĂ©s dans la rĂ©ponse de lâhuĂźtre Ă lâinfection et/ou aux modifications environnementales a ainsi Ă©tĂ© mesurĂ©e au cours dâun phĂ©nomĂšne de mortalitĂ© in situ. Lâanalyse statistique du jeu de donnĂ©es a permis dâidentifier certains gĂšnes dont lâexpression varie en fonction des cinĂ©tiques de mortalitĂ©. A terme ces marqueurs pourraient ĂȘtre utilisĂ©s comme des indicateurs prĂ©coces pouvant faciliter la mise en place de seuil dâĂ©tat dâalerte
- âŠ